有鑑於《名偵探柯南》漫畫經過多年長期連載，導致許多想入手的人都因劇情太過龐大、須知的背景知識太多而放棄追蹤，甚而傳出漫畫連載一直拖戲而幾乎沒有主線劇情的流言（這其實也是部分事實），因此本文整理了所有與《名偵探柯南》主線劇情有重大關聯的漫畫回數，讓剛入手的讀者可以方便補完重要劇情、讓漫畫同好回顧故事內容更加方便、也讓只想追主線劇情的讀者能有比較系統性的索引作為參考。
本文所收錄主線的標準包含：重要人物的登場、主線長期的連貫劇情、情報單位與黑衣組織相關劇情、工藤新一身分相關劇情、各階段主線人物劇情、重要道具發明等，索引左側為單行本的冊數回數，右側則為連載的話數。由於劇場版的故事純為漫畫的平行世界，故不列入本文的收錄範疇。另外，文中在漫畫中每一大段落的主線索引前皆會以紅色粗體字標示該主線的概略內容名稱，此純粹為我為了方便找尋主線劇情所自行取名加上的標題。
壹、初期要角登場及黑衣組織初步線索
第一冊第一回/第1話
* 高中生工藤新一在遊樂園與黑衣組織的首度相遇，並導致身體縮小的起源故事。
第一冊第二回/第2話
* 遊樂園事件後新一與鄰居阿笠博士所採取的應變行動。
* 新一將寄宿於毛
